Vào cuối thập niên 1960, đế quốc Mỹ đẩy mạnh các hoạt động tình báo, cài cắm, móc nối, chống phá nội bộ ta, nhằm cứu vãn những thất bại liên tiếp trên chiến trường miền Nam. Để chủ động nắm chắc tình hình, đấu tranh làm thất bại âm mưu, ý đồ của giặc Mỹ; đồng thời bảo đảm nội bộ Quân đội luôn trong sạch, vững mạnh về chính trị, tư tưởng, tổ chức, ngày 19-6-1968, Đội Trinh sát kỹ thuật (nay là Đoàn Trinh sát kỹ thuật), Cục Bảo vệ an ninh Quân đội, Tổng cục Chính trị Quân đội nhân dân Việt Nam được thành lập.

Trong cuộc kháng chiến chống Mỹ, cứu nước, Đội Trinh sát kỹ thuật có nhiệm vụ thu thập thông tin, phát hiện âm mưu, thủ đoạn hoạt động gián điệp, biệt kích của địch, tiến hành “nghi binh” lừa địch; bảo đảm an toàn cho sở chỉ huy mặt trận; tham gia điều tra, kết luận và minh oan cho cán bộ, chiến sĩ của ta bị địch bắt, bị tố là gián điệp, phản động... Công việc thầm lặng, bất kể ở mọi không gian, thời gian, nhận được lệnh là những chiến sĩ trinh sát kỹ thuật lập tức lên đường. 

Những chiến công thầm lặng nhưng vô cùng vẻ vang của đơn vị trong giai đoạn này là cùng các lực lượng bảo vệ an toàn tuyệt đối thi hài Chủ tịch Hồ Chí Minh; phát hiện “kế hoạch tập kích đường không” của Cơ quan Tình báo Trung ương Hoa Kỳ (CIA) nhằm giải cứu tù binh Mỹ tại trại giam thị xã Sơn Tây (Hà Tây) cuối năm 1970; xây dựng trạm thông tin sở chỉ huy giả để lừa địch trong Chiến dịch Quảng Trị năm 1972; thực hiện các biện pháp kỹ thuật bảo đảm an toàn cho Chủ tịch Cuba Fidel Castro thăm Quảng Trị năm 1973 và đoàn đại biểu quân sự Chính phủ Việt Nam Dân chủ Cộng hòa, Chính phủ cách mạng lâm thời Cộng hòa miền Nam Việt Nam trong Ban Liên hợp quân sự 4 bên; nghiên cứu, thiết kế, lắp đặt toàn bộ hệ thống thiết bị kỹ thuật bảo vệ trong quá trình xây dựng Lăng Chủ tịch Hồ Chí Minh...

Bước vào thời kỳ mới, phát huy truyền thống vẻ vang, Đoàn Trinh sát kỹ thuật luôn bám sát nhiệm vụ và sự chỉ đạo của cấp trên, tiến hành hàng vạn yêu cầu nghiệp vụ, kịp thời tham mưu đề xuất với các cấp biện pháp phòng ngừa, đấu tranh, ngăn chặn các hoạt động cài cắm, móc nối chống phá nội bộ. Chủ động phối hợp với các đơn vị của Cục Bảo vệ an ninh Quân đội, các đơn vị nghiệp vụ của Bộ Công an, công an các địa phương và các cơ quan chuyên trách bảo vệ an ninh quốc gia trong Quân đội. Làm tốt công tác nắm tình hình hoạt động của các loại tội phạm, giúp cho cơ quan, đơn vị triển khai công tác đấu tranh, truy tố các đối tượng trước pháp luật. 

Cán bộ Đoàn Trinh sát kỹ thuật (Cục Bảo vệ an ninh Quân đội) thực hiện công tác chuyên môn.

Trong công tác điều tra, đấu tranh với các loại tội phạm, Đoàn Trinh sát kỹ thuật phối hợp với lực lượng chức năng của Bộ đội Biên phòng phá thành công nhiều chuyên án của tội phạm mua bán, vận chuyển trái phép chất ma túy, đưa người xuất, nhập cảnh trái phép. Bên cạnh đó, Đoàn còn phối hợp với các lực lượng chức năng tổ chức khám nghiệm hiện trường, giám định dấu vết, tài liệu, vật chứng, làm cơ sở để củng cố chứng cứ phục vụ công tác điều tra, kết luận, xử lý các vụ án, vụ việc nhanh chóng, chính xác, khách quan, đúng pháp luật.

Trước yêu cầu của công tác bảo vệ an ninh trong tình hình mới, để hoàn thành tốt nhiệm vụ được giao, Đoàn Trinh sát kỹ thuật triển khai đồng bộ các giải pháp. Trong đó tập trung nâng cao chất lượng huấn luyện, vận hành thuần thục các phương tiện kỹ thuật nghiệp vụ bảo đảm toàn diện, chuyên sâu, lấy huấn luyện kỹ thuật là cơ bản, chiến thuật là trọng tâm. Nhiệm vụ của Đoàn Trinh sát kỹ thuật là những nhiệm vụ rất quan trọng, đòi hỏi đội ngũ cán bộ, nhân viên phải có bản lĩnh chính trị kiên định, vững vàng, nghiệp vụ tinh thông.

Do đó, việc tuyển chọn, huấn luyện, bồi dưỡng được đơn vị tiến hành rất chặt chẽ, khoa học. Cấp ủy, chỉ huy Đoàn thường xuyên nắm chắc tình hình chính trị nội bộ, rà soát, phát hiện, báo cáo cấp trên cử cán bộ, nhân viên đi học ở các nhà trường, đơn vị nghiệp vụ trong và ngoài Quân đội để nâng cao trình độ chuyên môn, đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ được giao. Hiện nay, trên 90% cán bộ, nhân viên của Đoàn có trình độ đại học và sau đại học.

Khi triển khai các yêu cầu, nhiệm vụ, Đảng ủy, chỉ huy Đoàn luôn bàn bạc thống nhất, phân công đúng chuyên môn, sở trường công tác và giao những đồng chí có năng lực, kinh nghiệm phụ trách; từng bộ phận, cá nhân phải nắm chắc âm mưu, phương thức, thủ đoạn hoạt động của địch và các loại đối tượng, sử dụng thành thạo các phương tiện, biện pháp nghiệp vụ và chấp hành nghiêm nguyên tắc nghiệp vụ của ngành, sẵn sàng nhận và hoàn thành thắng lợi mọi nhiệm vụ được giao.

Theo qdnd.vn